在獲得長足發展的同時，植物提取物行業也積累了不少問題。正如周小明擔憂的那樣，植物提取物行業所造成的資源破壞和環境污染問題已經比較嚴重，盡管中國號稱地大物博，但在植物提取物行業發展初期，中國企業處于較低的生產力水平，對植物資源采伐沒有計劃性，同時沒有考慮植物的長期循環利用，而是破壞性地采挖，再加上國外企業對中國植物藥資源采取低價掠奪方式，一些企業在利益驅動下，甚至不顧國家法律，嚴重破壞自然資源，如云南的紅豆杉、甘肅的甘草和麻黃草等。
  我們的資源并非用之不竭。”周小明說，“企業在生產過程中產生的空氣、水污染等問題如何解決也是值得我們思考的。”   國家科技部社會發展科技司生物技術與醫藥衛生處鄒健強調研員對此也表示擔憂。“我在陜西看到一些企業對土壤資源的破壞真是觸目驚心。”鄒健強指出，“今后植物提取物行業的發展應該考慮生態環境效益，把所有的成本都應該考慮進去，要好好地算一下成本賬，看獲得的效益是否能夠補償所產生的破壞性損失。企業也應該考慮一下，今后出口產品時應該怎樣報價。”
  “天然資源，再生不易。”鄒健強還認為，當前的植物提取技術水平還有待提高，“資源利用率并不高。該要什么、不要什么，并不十分清楚。在這方面，石油行業的資源利用率就非常高，值得借鑒。”
  中國醫藥保健品進出口商會植物提取物分會副理事長、湖南九匯藥業有限公司總經理曾建國指出，資源保護、環境污染矛盾凸現有其歷史根源：一是產業產品不集中的資源破壞性是看不見的；二是分散提取造成極大的產業資源浪費；三是分散提取造成的環境污染是隱蔽性破壞；四是提取物產業的興起使產業集中從而導致矛盾凸現。
  “植物提取物行業絕不能承載‘過度破壞環境’的惡名。”曾建國認為，今后除了要適度地進行資源開發外，還應該增加產業集中與循環經濟的關系研究。
  據悉，國內植物提取物企業發展初期，企業規模較小，沒有市場研發和技術研發力量，多數企業在市場和產品選擇時主要是采取跟風的行為，產品生產一哄而上，無計劃性，導致產品積壓，最終結果是采取低價競爭，影響了整個行業的發展。總的來說，與國內其他醫藥生產企業一樣，植物提取物企業也存在著數量多、規模小、效益低、多數廠家產品單一、抗風險能力低等現狀；此外，產品質量不統一，缺乏統一有效的控制。
  “以下三方面的問題也值得我們重視。”周小明強調，“第一，想辦法提高植物提取物的深加工，賣上好價錢；第二，開發一些新產品，提高科技含量，防止惡性競爭，大企業應該‘先走一步’；第三，搞一些標準出來，目前植物提取物的檢測標準和方法不多，跟人家說不清楚，做出來的東西不符合客戶的要求。