發酵罐在經過連續發酵后，發酵產物經管道轉送至精制區，再二次發酵之前需對發酵罐進行清洗、維護保養。發酵罐的維護保養包括以下內容：
攪拌器的維護：每次開罐蓋后應檢查并旋緊安裝在攪拌軸上各部件中的止動螺釘。
上磁鋼位置的調整：上磁鋼距罐底間距正常值為1-1.5 mm，間距過小上磁鋼的底面會觸及罐體，這時會引起攪拌軸不能轉動或攪拌軸有跳動并伴有較大的噪聲現象出現；間距過大，這時會引起上下磁鋼間的磁力減小，當發酵液粘稠時有可能攪拌器停轉并伴有較大的噪聲。
軸承的調換：經過一至兩年的使用后，軸承噪聲明顯增大或攪拌軸明顯擺動須更換軸承。卸去軸承底端蓋、卸去軸頭螺釘及軸承壓蓋、卸去軸承底下端蓋、移去軸承座下端軸承處的卡簧，由上向下取出攪拌軸，取出軸承并更換，再一次安裝。
過濾濾芯的更換：由于空氣含有大量塵埃，經過一定時間，濾芯上的微孔會漸漸地堵塞，這樣一方面引起空氣的流量嚴重不足和空氣壓降增大，同時可能引起染菌，此時就需要更換。閑置時應將濾芯從空氣過濾器中取出，并排盡過濾器中的冷凝水。
電磁閥的維護：電磁閥是用于發酵罐的冷卻，電磁閥的閥芯卡死，閥芯密封圈失效及電磁線圈的損壞都可引起電磁閥的失效。故障判斷：在保證循環泵運轉及循環管路通常情況下，溫度只降不升最大的原因是電磁閥泄漏或閥芯卡死，另外原因可能是電加熱器燒壞。按注水開關，注水開關指示燈亮而電磁閥上端面無磁性，無冷卻水排出，線圈壞；注水開關指示燈不亮，控制箱內F1（Really）保險絲燒壞。關電磁閥，排水口有冷卻水漏出，閥芯密封失效或雜物卡住閥芯。
球閥的維護：由于球閥內的密封件是由兩個半球狀四氟乙烯制作成的，長時間使用后，密封件與閥芯之間可能會泄漏，旋松閥兩端的卡套接頭螺帽，然后旋緊閥兩端的圓柱狀接頭（正常情況下，轉動閥柄應有一定的阻力）。
卡套接頭的泄漏：旋緊街頭上的壓帽即可。
空氣軟管：為防止連接于空氣流量計兩端的軟管意外爆裂，建議每兩年更換一次軟管。
發酵完成并進行滅菌處理后應及時清洗，安裝過程中應確保空氣分布器復位，及時更換補料孔墊圈，如底閥漏水還應更換底閥墊圈。